中國從１９９６年開始建立的長江三峽工程生態與環境監測系統如今已成為世界上監測內容、範圍和規模最大的水電工程生態環境監測網絡。
三峽工程生態與環境監測系統是跨地區、跨部門、多學科、綜合性、研究性的生態環境監測網絡，直接為三峽工程服務。經過幾年的發展，長江三峽工程生態與環境監測系統總體上運行正常，各專項監測或專題研究獲得了大量的生態與環境監測數據，基本形成了三峽水庫蓄水前的生態環境資料，為今後分析研究三峽工程對生態和環境的影響積累了重要歷史資料。從１９９７年起，國務院三峽辦通過國家環保總局向公眾發佈了７期長江三峽工程生態與環境監測公報。
長江三峽工程生態與環境監測系統由１１個監測子系統，包括１５個監測重點站、４個監測實驗站和其他專項監測組成，涵蓋了水文水質、污染源、魚類及水生生物、陸生動植物、農業生態環境、河口生態環境、人群健康、庫區社會經濟環境等諸多方面，監測範圍以庫區為重點，延及長江中下游與河口相關地區。
國務院三峽辦還啟動了遙感監測，與現有的監測站網結合，實現點線面相結合的時空監測體系。監測系統主要作用是圍繞三峽工程的建設和運行，及時發現可能引起的生態環境問題並提出減輕不利影響的措施，預測不良趨勢並及時發佈警報，為三峽工程建設過程中環境與資源管理以及領導部門決策提供科學依據，為三峽工程建成後進行環境影響回顧性評價積累完整數據。