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衣原體寄生於人體細胞內,大小介於細菌和病毒之間,一般分為2大類:鸚鵡熱衣原體和沙眼衣原體。引起非淋菌性尿道炎的是沙眼衣原體,約占本病病因的40%。 支原體是一種簡單的原核細胞,大小也是介於細菌和病毒之間。可以讓人得非淋菌性尿道炎的是解尿支原體和人型支原體,前者感染率比較高。因為在成年人的泌尿生殖道裡有這種支原體,所以性交可以引起傳播。