相當流行的三合一即溶咖啡是工業化的合成品，主要由砂糖、脂類咖啡伴侶和咖啡組成，營養成分不如新鮮咖啡豆泡製出來的傳統咖啡好，脂肪和糖分較高，優質蛋白及咖啡因較低，生產過程中可能會失去咖啡的精華。
對於肥胖者和正在減肥的人來說，雖然有少量報導指出咖啡有減肥的功效，但也不能多喝。因為咖啡因會促進消化液的分泌，增進食慾，加速食物的消化和吸收。尤其是三合一即溶咖啡，含糖和脂肪成分較高，小心越喝越胖。懷孕和哺乳期的婦女，應慎喝咖啡，以免對胎兒和新生兒造成不良影響。
老年人如果患有腦血管疾病或糖尿病，應盡量少喝咖啡。雖然咖啡因有強心作用，但同時也會加快心跳率，容易引起心肌缺氧。如果是身體健康的老人，除了保證喝咖啡不要過量外，還應注意要適當補充高鈣食物或鈣劑，以免骨質疏鬆加劇。
不要在空腹時喝咖啡，因為咖啡會刺激胃酸分泌。有胃病的人，尤其是有胃潰瘍的人更應謹慎。飲用咖啡的溫度不宜太高，最佳溫度是70-80攝氏度，在此溫度下，咖啡的營養物質最穩定，不易分解，而且口感最佳。