男性與女性生殖區域的一大差別是，男性有兩個開口，一個是在陰莖頂端排出尿液與精液的口，另外一個是在陰囊後的肛門口；而女性有三個口：尿道口、陰道口和肛門口。男性生殖器官也分內、外生殖器官兩部分。外生殖器官包括陰阜、陰囊和陰莖。
陰阜陰阜為恥骨前方的皮膚和豐富的皮下脂肪組織。成年人皮膚上有陰毛，皮下組織有皮脂腺和汗腺。青壯年時陰阜顯著隆起，中年以後脂肪組織減少下陷，老年則萎縮變平。青春期的陰毛髮生是男性第二性徵的標誌之一，雄激素的缺乏表現為陰毛稀少或不發育。
陰莖男性外生殖器中，最明顯的是陰莖，包括陰莖軸及龜頭。陰莖具有排尿、性交、射精三大功能。從外形上看，陰莖有鬆弛和勃起兩種狀態。陰莖後部為陰莖根、中部為陰莖體呈圓柱形，體的前端膨大部為陰莖頭（或稱龜頭）。陰莖尖端有尿道外口。陰莖的頭亦稱為龜頭，也含有海綿組織，尿道口就位於充頭內。在陰莖軸與龜頭之間是冠狀構。龜頭、冠狀構與繫帶都充滿神經末梢。對刺激是很敏感的。
陰莖內部由3個平行的長柱狀海綿體組成；它有血管及神經分佈在這兒，陰莖上面兩個海綿體稱陰莖海綿體，下面一個稱尿道海綿體，尿道從中穿過。平常排尿和精子均由此地出入，但它們不會搞混，故不須擔心小便時，精液也會跟著一起出來。當海綿體內的腔充血時，陰莖即變得粗而硬，這就是性興奮時陰莖勃起的原因。一般男性在兒童時期，陰莖較小，一直到了青春期陰莖會開始成長，且顏色加深。陰莖的長短大小有一定範圍，有人拿來作為評價性能力的標準，這是不正確的。陰莖的大小和身材高矮、胖瘦，五官大小一樣，存在眾多差別，且與民族、種族等都有有關係。長短不一，粗細不等這屬正常生理現象。常態下陰莖長度範圍為4.5－8.6厘米，許多因素都可能影響平時陰莖的大小，包括身體脂肪過多、天氣過冷、壓力情境。如果陰莖在青春期後短於5厘米，而且沒有勃起功能，特別是第二性徵發育不良，無精子，無生育能力，才可以認為陰莖發育不正常。一般來說，陰莖的長短和粗細的大小並不能代表其功能的強弱。不能做為評價性能力的標準。只要在正常生理範圍內，不會影響今後的性生活。
陰莖頭和與體的連接處有陰莖包皮，如包皮過長而包著陰莖頭不能翻起時，就形成為包莖。包莖不僅影響性生活，還能引起炎症，甚至癌症。因此，主張將多餘的包皮用手術切除。
陰囊陰囊位於會陰之間，是由皮膚、肌肉等構成的柔軟而富有彈性的袋狀囊，把睪丸、附睪、精索等兜在腹腔外、兩胯間。陰囊內有陰囊隔，將陰囊內腔分成左右兩部，各容納一個睪丸和附睪。當遇冷、運動或性刺激時，陰囊的肌肉就會收縮，以拉高明囊內的睪丸，以便靠近身體。這種使睪丸更靠近或更遠離身體的移動，對睪丸來說是很重要的。因為睪丸必須維持在比體溫稍低的溫度中，遇冷或遇熱都會造成精子減少。若長期暴露在過冷的環境中，可能就會因此造成不孕，也會增加得到睪丸癌的機率。
陰囊皮膚有明顯的色素沉著，長有稀疏的陰毛。陰囊皮膚薄而柔軟，並有很多的褶皺，如果將它展平，表面積會增大許多。陰囊皮膚還有豐富的汗腺，容易出汗，經常是濕漉漉的。 陰囊的主要功能有：保護睪丸、調節溫度、有利於精子的產生和貯存等。