沒有一種抗生素對所有的細菌都有效。一種抗生素往往對某些細菌有效果，這就是抗生素的抗生譜。而抗生素類藥物如青黴素、卡那黴素、慶大黴素、氯黴素、四環素、土黴素、紅黴素等，對病毒感染無效。因此，由病毒引起的疾病就不需要使用抗生素。
臨床實踐證明，抗生素可對人體產生很多不良後果。長期使用卡那黴素或慶大黴素可損害聽神經，引起聽力減退，甚至耳聾。長期應用四環素，內所含的成分會沉積於骨骼及牙釉質中，並與該組織中鈣相結合，使兒童牙齒變黃。如屬疾病必須，則可選用其他類抗生素，如頭孢拉丁糖漿等。有些抗生素長期使用後會損傷肝臟，濫用抗生素也會使細菌產生耐藥性，甚至造成菌群紊亂而產生兩重感染。因此對原因不明的疾病或發熱，家長不宜任意給孩子服用抗生素，以免延誤臨床診斷和正確處理。