縱所周知，性病不易根治，給患者的身心帶來極大的負擔。主要原因有下列幾方面：
1、疾病本身沒有特效藥物或難以根治，如愛滋玻
2、治療用藥不正規，或療程過短，治療不徹底。很多病人在疾病的初期就沒有得到正規有效的治療，他們不是去醫院就診，而是自行去藥房購藥治療或去街頭游醫處或不正規醫院治療，以至延誤病情，使疾病變為慢性或不可控制性；
3、有STD感染的性伴侶沒有得到有效的檢查或治療，導致再次感染性玻因此，對於STD患者的性伴侶即使沒有症狀，也應該進行檢查或治療。如果高度懷疑其已感染可治療STD，即使沒有症狀或在實驗室報告出來前，也應該先用藥物治療。在患病期間應該禁止性活動。
4、實驗室報告不及時或不正確。正確及時的實驗室檢查報告，是臨床醫師作出正確診斷和治療的重要依據，如過報告不及時或不準確，都會影響治療方案的制定或預後的判斷，尤其是多種STD合併感染時；
5、微生物出現耐藥性，所用抗生素無效。有些STD感染的病原微生物會發生變異，出現耐藥菌株，因此，有條件的地方，都應該進行病原微生物的培養和藥敏試驗，以找出敏感抗生素。
6、當STD患者具有多種微生物感染時，沒有聯合應用針對多種特定病原微生物的藥物，如只針對淋球菌用藥，而沒有使用殺支原體、衣原體的藥物，而導致病原體不能完全消滅。這種情況易發生在實驗室報告出來以前的治療，或根本不進行實驗室檢查時。
7、機體抵抗力較差，單用抗生素難以徹底殺滅病原微生物，或目前尚無有效殺滅的藥物，只能暫時抑制，待機體體抗力弱時又出來活動，如生殖器皰疹等。或STD病灶一下子難以完全去除，殘留病灶易復發，如尖銳濕疣等。或反覆大量使用廣譜抗生素導致體內菌群失調，在原STD感染部位出現條件致病菌的感染，加重臨床症狀。
8、局部感染組織內抗生素難以達到有效殺菌濃度。當某些部位反覆STD感染或慢性感染形成疤痕、組織增生等情況，以至所用藥物很難在該部位達到有效殺菌濃度，影響療效。
9、STD發生部位如女性生殖器中存在有利於微生物生長的條件，如放置節育環等，使得治療難以徹底，引起復發。
10、心理疾玻某些患者STD雖然已經治好，但由於對性病的恐懼感，以至於總認為沒有好，有點不舒服就認為是性病發作，經常跑醫院，甚至要求醫生經常給他（她）應用某些藥物。像這類病人除作好臨床解釋工作外，可尋求心理醫生的幫助。