引起牙齒著色的因素很多，主要有以下幾種：
氟牙症也稱氟斑牙或斑釉牙。此症具有地域性發病的特點，主要是因為飲用水中氟含量過高所致。輕度者牙齒表面的牙釉質渾濁不透明，呈白堊色；中度者牙面呈黃色或棕黃色不規則形斑塊；重症者除有色澤改變外，還伴有牙面釉質缺損。
釉質發育不全是牙齒在發育過程中，表層的釉質因缺乏鈣、磷和維生素A、D等物質；或受有害因子的作用而造成的牙齒發育障礙。輕者牙齒表面的釉質呈不透明的白堊撲色，疏鬆粗糙，可因食物染色而呈黃褐色。重症者牙面釉質可出現實質性缺損，呈窩狀或帶狀缺如， 甚至無釉質覆蓋。
四環素染色牙在牙齒發育期間，特別是8歲以下兒童或孕婦，如果服用四環素類藥物（如四環素、土黴素、強力黴素等），則易引起牙齒變色，稱為四環素染色牙。這是因為四環素類藥物可與牙齒組織中的鈣離子結合形成穩固的四環素鈣鹽，隨年齡增長，變色會逐漸加重，約在18歲以後趨向穩定。
根據著色深淺，臨床可分四度：
一度四環素牙，其牙面呈均勻的乳黃或淡黃色；
二度四環素牙，牙面呈均勻的深淺不等的棕黃或灰黃色；
三度四環素牙，牙面呈均勻的深淺不等的純灰、灰褐色或灰黑色；
四度四環素牙，牙面呈灰褐或灰黑色外，可合併釉質發育不全，伴有牙體組織缺損。
乳光牙為常染色體顯性遺傳性疾病，較少見。患牙有獨特的紫蘭色改變，暴露的牙本質光亮，呈半透明的黃褐色，牙齒易磨損，重症者呈殘根狀。
齲齒俗稱蟲牙或蛀牙，是由於在細菌的參與下，糖類食物酵解產酸而腐蝕牙體，久而久之造成牙齒變軟，牙組織崩解，形成黑色齲洞。
死髓變色牙多因深齲細菌感染或直接暴力打擊，牙齒意外折斷，導致牙髓損傷壞死而變色。