慢性腹瀉的原因非常複雜，不一定由腸道炎症引起。其他一些疾病的早期表現不典型，有時可只表現為慢性腹瀉。例如：
1．糖尿病：糖尿病引起的腹瀉與其導致的胃腸道植物神經病變有關。腹瀉呈頑固性、間歇性，發作時間可為幾天至幾周；間歇期可為數周至數月，腹瀉晝夜均可發生，約5%的腹瀉病人同時有脂肪瀉。
2．甲亢：甲狀腺機能亢進症患者由於腸道蠕動快，消化吸收不良而出現大便頻繁甚至腹瀉，大便一般呈糊狀，含較多未消化食物。
3．肝癌：以腹瀉為首發症狀的肝癌並不少見。肝癌患者的肝臟解毒功能下降，腸黏膜在有害化學物質的刺激下產生腸毒素，促使肥大細胞增殖，釋放組織胺，使腸黏膜變性水腫，通透性增加，對水分的重吸收減少，致大量水分排入腸腔引些腹瀉。
4．大腸癌：大腸癌多數發生在中年以後，位於左側結腸者常為環狀生長，伴有排便習慣改變。當腫瘤有糜爛、潰瘍、壞死時，可表現為腹瀉、血便和裡急後重，尤其是腫瘤位於直腸者，主要表現為血便、排便次數增多、排便不暢和裡急後重。
5．克隆病：又稱節段性腸炎，發病年齡主要在20—40歲，起病緩慢，以腹痛、腹瀉開始，逐漸加重，大便稀或水樣，常無膿血。病變腸段的炎症、蠕動增加及繼發腸道吸收不良是引起腹瀉的主要原因。多為間歇性發作，病程後期呈持續性。
6．潰瘍性結腸炎：女性多於男性，起病可急可緩，症狀輕重不等，腹瀉繫在炎症刺激下，腸蠕動增加及腸腔內水、鈉吸收障礙所致。輕者每日排便3~4次，或腹瀉與便秘交替；重者排便次數頻繁，糞便多為糊狀，混有黏液、膿血。本病可有結節性紅斑、虹膜睫狀體炎、關節炎等腸道外表現。引起慢性腹瀉的原因還有很多，如腸結核、腸道真菌感染、慢性細菌性痢疾、藥物等。出現腹瀉時，如果原發疾病的表現較為典型，則比較容易診斷；如果原發疾病的表現不典型，就比較容易誤診，有時誤診會長達數月或數年。因此，出現慢性腹瀉不可掉以輕心，應當進行認真的檢查，只有查清病因，才能得到正確的治療。反之，僅對慢性腹瀉給以對症治療，效果往往較差，甚至還會延誤病情，失去治療的時機。