無論居家還是旅遊，黃連素也許是人們最常提到的必備藥物了。它的學名叫做「鹽酸小檗鹼」，是從黃連、黃檗中提煉出來的一種生物鹼。黃連素對多種細菌，如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑製作用，其中對痢疾桿菌作用最強，常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾玻通常每次口服0.1--0.5克，每日3次。
2003年6月，國家藥監局公佈了一批停用的藥品，其中包括復方黃連素片和復方黃連素注射液，有媒體報道黃連素已停用，引起了很大誤會。所謂的「復方黃連素」是按照地方標準生產的藥物，此次停用是因為「質量不可控」，該藥與我們常說的黃連素是完全不同的藥物。黃連素仍收錄於國家基本藥品目錄，使用非常安全。
黃連素口服後，幾乎不被胃腸道吸收，只是停留在腸道，對抗致病的細菌。這一特性雖然使黃連素對胃腸道以外的感染沒有效果，但由於黃連素不被吸收入血液，所以副作用很校科學家曾給小鼠按每千克體重8克的用量服用黃連素，24小時後尚有半數小鼠存活。如果換作是體重60千克的人，相當於每天吃上接近250克。黃連素最常見的副作用是便秘，大量應用後偶有噁心、嘔吐、皮疹及發熱，停藥後即可消失。
需要指出的是，腹瀉後如果口服兩三粒黃連素即可見效，大多屬於非感染性腹瀉或胃腸功能紊亂等疾玻對於這些與細菌無關的腹瀉，黃連素毫無作用。雖然服藥後常常症狀緩解，但一般與用藥無關。雖然黃連素很安全，但有不少人一腹瀉就吃黃連素，確實很不必要。