新生兒嘔吐的原因可以是器質性（需要手術），也可以是功能性的（如幽門痙攣）。
一、 幽門肥大性狹窄
幽門是胃的出口，是通往腸道的一個"關卡"。由於幽門肌肉畸形增厚、肥大、水腫，通往腸子的"關卡"只能打開得很小，使胃內的食物不能順利進入腸道。胃壁肌肉強烈收縮，既然奶塊進入腸子的阻力很大，於是就從嘴裡返流出來。這樣，病兒處於"飢餓"狀態，勢必日益消瘦。這種疾病要到外科診治，明確診斷後通過一次簡單的手術，解除幽門狹窄。嬰兒吃下去的奶就能順利進入腸道，身體得到了足夠的營養，也就很快恢復健康。
要注意與幽門肥大性狹窄鑒別的另一種病叫幽門痙攣，雖有嘔吐但不嚴重，不必手術，吃一點解痙藥會慢慢自愈。
患先天性幽門肥大性狹窄的新生兒，出生後一切正常，偶然在吃奶之後吐幾口奶。但是到了十天左右，嘔吐次數逐日增多，吐出的奶量也越來越多。吐的動作十分劇烈，噴得很遠，嘔吐的聲響也較大。有時吐出的奶糊沾得孩子滿頭滿面，塞住口鼻透不過氣來。嘔吐物是奶液或奶凝塊，不含有黃色的液體，可帶有酸味，吐出的量比吃入的一頓奶要多。吐過之後孩子又哭吵著要吃，但吃奶後不多一會又噁心、嘔吐。小兒越來越瘦，成了一個皮包骨頭、滿額皺紋的"小老頭"。
二、腸梗阻（腸子不通）
新生兒時期的腸狹窄與腸閉鎖引起腸子不通是嚴重的疾玻治療效果的好壞在很大程度上決定於早期發現，早期診斷和早期治療，而早期發現的關鍵在認識這種病的表現。
患以上疾病的新生兒，腸道在胎兒發育過程中由於某些因素而停頓，引起腸腔不通暢。狹窄多發生在十二指腸，而閉鎖多發生症狀。嬰兒在出生後或出生後一天就開始出現嘔吐，而且是越吐越劇烈。可以吐出唾液、奶塊、黃綠色的膽汁、腸液，甚至是大便樣的東西。小兒的全身情況惡化，沒有胎糞排出，或僅有很少胎糞，或有青灰色的粘液樣物排出。如腸子的畸形位置高，腹部可以不脹，反之可出現腹脹。
診斷明確後必須及時手術把腸子接通，小兒就有康復的機會。
三、腸旋轉不良
腸旋轉不良也是引起嘔吐的一種常見玻患有腸旋轉不良的小兒和正常新生兒一樣，在24小時內就排出墨綠色的胎糞，吃奶也很好。但是到了出生後第3-5天，卻開始出現嘔吐，次數多少不一，時輕時重。有些小兒嘔吐可自行緩解一段時間。雖然嘔吐時斷時續很不規則，但有一個共同的特點，即吐出物內都含有膽汁。這是因為先天性的各種原因，壓迫了十二指腸服管開口以下的部位，使膽汁返流至胃部，故有黃綠色的嘔吐物。症狀的輕重和壓迫程度成正比。病情輕的，嘔吐可能是唯一的症狀，病情重的，因嘔吐嚴重可引起消瘦，大便干結。如果出現便秘說明疾病已發展到了較為嚴重的階段。
有些小兒吐得不嚴重，偶然吐幾次，可不必處理。嘔吐嚴重的必須去醫院診治。通過X線鋇劑灌腸或鋇餐檢查，證實是腸旋轉不良的，手術是唯一有效的治療方法。雖然手術有一定的併發症，但效果很好，手術後小兒很快就恢復健康。